Breath of the Wild đem đến một thế giới mà ở đó vương quốc Hyrule đang chống lại thế lực quỷ ác, Calamity Ganon. Mỗi lần Ganon nổi lên tấn công thì hắn luôn bị đánh bại bởi Công chúa Zelda, người nhận được sức mạnh từ nữ thần Hylia cùng sự giúp sức của hiệp sĩ của mình.[18] Qua một thời gian dài, vương quốc Hyrule đã có thể dựng lên một nền văn minh tiên tiến. Bằng cách sử dụng công nghệ kĩ thuật, họ quyết định sẽ tự mình phòng bị để chống lại sự trở lại của Ganon bằng cách tạo ra những bốn cỗ máy khổng lồ có hình dạng giống động vật, được gọi là Divine Beast, cùng một lực lượng các vũ khí kĩ thuật tự động khác, được gọi là Guardian.[19] Bốn hiệp sĩ mạnh nhất được trao cho danh hiệu anh hùng và mỗi người điều khiển một Divine Beast để tấn công và làm suy yếu Ganon, trong khi công chúa và hiệp sĩ của cô sử dụng các Guardian để phòng vệ, và anh hạ Ganon bằng cây kiếm huyền thoại Master Sword, để công chúa có đủ khả năng phong ấn Ganon.[20]

10.000 năm sau, vương quốc Hyrule đánh mất công trình kĩ thuật to lớn và đã quay về lại thời kì trung cổ.[21] Sau khi đọc được lời tiên tri của đời trước để lại, họ nhận ra dấu hiệu quay trở lại của Ganon và khôi phục lại các Divine Beast và Guardian sau khi khai quật rộng khắp vương quốc.[22] Các anh hùng đa chủng tộc của Hyrule gồm: Daruk, chiến binh của miền núi Goron, Mipha, công chúa của miền nước Zora, Revali, cung thủ thiện xạ nhất trong loài chim Rito, và Urbosa, nữ trưởng tộc ở miền sa mạc Gerudo—cùng hợp sức để điều khiển Divine Beast, trong khi công chúa Zelda và Link, chàng hiệp sĩ được phong tước của cô, cùng cố gắng ngăn chặn thế lực quỷ dữ bằng chiến thuật của những thế hệ cổ đại đi trước.[23] Tuy nhiên, Ganon đã trở lại từ ngay dưới lâu đài Hyrule và cướp lấy quyền điều khiển các Guardian và Divine Beast, khiến chúng chống lại vương quốc Hyrule. Tai ương "Great Calamity" đã diễn ra khiến vua, các anh hùng và tất cả mọi người ở trong lâu đài bị giết chết, thành phố của lâu đài bị phá huỷ và Link bị thương nặng khi đang bảo vệ cho công chúa, đành bỏ mặc vương quốc bị phá huỷ.[24] Zelda còn sống sót, và sau khi đưa Link đến chỗ an toàn và phong ấn cây kiếm Master Sword, cô một mình đối đầu với Ganon, sử dụng phép thuật của mình để phong ấn hắn lại bên trong những bức tường thành.[25]

100 năm sau, tại Shrine of Resurrection, một giọng nói đánh thức Link tỉnh dậy, tuy nhiên cậu không còn nhớ chuyện quá khứ 100 năm trước. Giọng nói của một người con gái bí ẩn đã dẫn cậu tới vương quốc Hyrule đổ nát, nơi cậu gặp một ông già, người sau khi giúp Link làm quen lại với thế giới đổ nát này, đã cho biết thân phận mình là vua Rhoam, vị vua cuối cùng của vương quốc Hyrule. Vua Rhoam đã giải thích với Link rằng Ganon đã bị phong ấn trong toà lâu đài Hyrule đã 100 năm, nhưng Ganon vẫn tiếp tục tăng sức mạnh, và ông mong muốn Link hãy đánh bại Ganon trước khi hắn phá vỡ phong ấn và phá huỷ cả thế giới.[26]

Link đến địa điểm của từng Divine Beast, tìm lại kí ức của bốn người anh hùng đã hi sinh và linh hồn của họ chỉ dẫn cậu kích hoạt máy móc bên trong Divine Beast để gọi dậy con quái vật mà Ganon đã tạo ra để giành quyền kiểm soát Divine Beast. Sau khi hạ được con quái vật ở mỗi Divine Beast, linh hồn của các anh hùng sẽ xuất hiện và trao cho Link sức mạnh của họ để cậu có thể sử dụng, và họ sẽ sẵn sàng tấn công Ganon ngay khi Link tiến vào lâu đài Hyrule để đối đầu với Ganon. Trong khi Link du ngoạn khắp thế giới, cậu cũng sẽ đi ngang qua những địa danh mà cậu và Zelda đã cùng đến trong quá khứ, dần dần sẽ gợi lại kí ức cũ của cậu. Sau khi nhận được Master Sword trong khu rừng Lost Woods, Link đánh bại Ganon với sự giúp đỡ từ các Divine Beast, nhưng Ganon thức tỉnh và biến thành hình dạng thật sự: một con quái thú khổng lồ ngập chứa thù hận và ác tâm, được gọi là Dark Beast Ganon. Zelda đưa Link cung ánh sáng Bow of Light để đánh bại Ganon và Zelda đã tiêu diệt hắn bằng lượng sức mạnh cuối cùng, khôi phục lại nền hoà bình cho vương quốc Hyrule và cuối cùng cũng có thể để linh hồn của vua Rhoam và các anh hùng yên nghỉ. Trong cảnh cuối trò chơi, Zelda, khi nhận ra rằng Ganon đã thực sự ra đi, cô nghĩ rằng vương quốc Hyrule cần tái xây dựng và cô cùng với Link sẽ bắt đầu cuộc hành trình mới của riêng hai người họ.[27] Nếu người chơi hoàn thành được một số nhiệm vụ nhất định, trò chơi sẽ mở ra thêm một đoạn kết ẩn.[28]